10月31日晚，中国乒乓球协会公布了大湾区全运会乒乓球男单比赛的种子选手名单。
北京队的王楚钦被列为全运乒乓男单的头号种子，而海南队的林诗栋为2号种子，河北队的梁靖崑为3号种子，上海队的樊振东为4号种子。
根据这份名单显示，本次种子排名是综合考虑国际乒联世界单打排名和资格赛成绩，且巴黎奥运会男单冠军樊振东根据2024年12月24日的世界排名第6位，列为本届全运会的乒乓球男单4号种子。其他运动员则根据2025年10月28日的世界排名进行计算。
全运会乒乓球女单的种子排序方法也同样如此。河北队的孙颖莎为头号种子，黑龙江队的王曼昱为2号种子，辽宁队的陈幸同是3号种子，山东队的奥运女单冠军陈梦为4号种子，江苏队的蒯曼为5号种子。
此外，中国乒乓球协会还公布了全运会其它项目的种子。
混合双打前四号种子：黄镇廷/杜凯琹、袁励岑/王艺迪、陈垣宇/蒯曼、林高远/刘诗雯；
男子团体前四号种子：上海、黑龙江、山东、福建；
女子团体前四号种子：江苏、上海、辽宁、湖南。